Diplomarbeit: Der Einsatz des GPS zur Wasserdampfmodellierung in der Klimatologie; Astronomisches und Geographisches Institut der Universität Bern; 1999.

Inaugural Dissertation: Highly resolved d13C measurements on CO2 in air from Anarctic ice cores. Abteilung für Klima und Umweltphysik, Universität Bern, 2004.

Inaugural Dissertation: Lehrstückunterricht im Horizont der Kulturgenese - Lehrkunstdidaktische Komposition und Inszenierung von Galileis Fallgesetz - Pascals Barometer - Fermas Spiegeloptik. Institut für Erziehungswissenschaften, Phillips Universität Marburg, 2013.

• Eyer, Marc: Interdisziplinarität auf der Sekundarstufe II. Bern: h.e.p.-Verlag 2017.
• Eyer, Marc: Lehrstückunterricht im Horizont der Kulturgenese. Berlin: Springer (Research) 2015.

• Eyer, Marc und Ueli Aeschlimann: Pascals Barometer - frei nach Martin Wagenschein. Bern: h.e.p.-Verlag 2013.

• Eyer, Marc und Hiltbrand, Kilian: Interdisziplinarität am Beispiel der Pflanzengeographie von Alexander von Humboldt, Gymnasium Helveticum Nr.1/24, 2024, S. 12–13.
• Gubler, M., Brügger, A., Eyer, M.:  Adolescents’ Perceptions of the Psychological Distance to Climate Change, Its Relevance for Building Concern About It, and the Potential for Education. In: Leal Filho, W., Hemstock, S. (eds) Climate Change and the Role of Education. Climate Change Management. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-030-32898-6_8, 2019.
• Eyer, Marc: Bildungstrends Interdisziplinarität und Bildung für Nachhaltige Entwicklung an Maturitätsschulen, KUGU IV, 2021, S. 34 - 37.
• Eyer, Marc und Hans Christoph Berg: „Am Anfang brauchen wir ein erstaunliches Phänomen, ein sonderbares…“. In: Schön, L. und Lesk, S. (Hrsg.): „Retten uns die Phänomene?“  - Lehren und Lernen im Zeitalter der Digitalisierung. Berlin: Logos Verlag,  2019, S. 137 – 146

• Eyer, Marc: Interdisziplinarität in der Lehrerbildung der Sekundarstufe II in der Schweiz. Berlin: TRIOS 7. Jg. 2/2012, S. 95-101.

• Eyer, Marc: Interdisziplinarität auf der Sekundarstufe II – Skript zur Vorlesung. PH Bern, Institut Sek. II, 2012.

• Eyer, Marc: An den Grenzen der Lehrkunst. In: Baars, Günter: Quantenchemie farbiger Stoffe mit Heisenberg und Einstein. h.e.p.-Verlag, Bern 2011.

• Eyer, Marc: Ansätze zum fächerübergreifenden Unterrichten. Gymnasium Helveticum Nr.2/10, 2010, S. 14–17.

• Eyer, Marc und Renate Hildebrandt - Günther: Spiegel und Schatten - Einführung in die Optik. In: Berg, Hans-Christoph: Werkdimensionen im Bildungsprozess. h.e.p.-Verlag, Bern 2010, S. 211-215.
  

• Leuenberger, Markus., Marc Eyer, Peter Nyfeler, Berhard Staufer und Thomas Stocker: High resolution d13C measurments on ancient air extracted from less than 10cm3 of ice. Tellus, 55B, 138-144, 2003.
  

• Elsig, Schmitt, Leuenberger, Schneider, Eyer, Leuenberger, Joos, Fischer, Stocker: Stable isotope constraints on Holocene carbon cycle changes from an Antarctic ice core. Nature 461, 507-510, 2009 doi: 10.1038/nature08393 Letter.  

Conference Papers:

• Eyer, M., M.C. Leuenberger, P. Nyfeler and T.F. Stocker: d13C measurements on air of small ice samples on ancient air extracted from less than 10 cc of ice. Abstract for Sixth International Carbon Dioxide Conference, Sendai, Japan, 2001.

• Eyer, M. and M.C. Leuenberger: d13C measurements on air of small ice samples. Abstract for EGS XXVI General Assembly, Nice, France, 2002.

• Eyer, M., M.C. Leuenberger, P. Nyfeler and T.F. Stocker: Comparison of high resolved d 13C measurements between Dronning Maud Land and Dome C Antarctic ice cores. Abstract for EURESCO Conference, San Feliu de Guixols, Spain, 2003.

•  Eyer, M., M.C. Leuenberger, P. Nyfeler and T.F. Stocker; Comparison of two d13C records measured aon air from the EPICA Dome C and Kohnen Station ice cores. Abstract for the 1st General Assembly, Nice France, 2004.